Zrodila sa z prelomových povojnových dohôd, ktoré pripravili pôdu pre európsku integráciu, a v roku 1968 sa stala skutočnosťou. Prvým rozhodným krokom colnej únie k premene EÚ na najväčší obchodný blok na svete, v ktorom dnes 28 colných správ koná ako jeden subjekt, bolo zrušenie colných sadzieb pre obchod s tovarom vo vtedajšom Európskom spoločenstve.

Za posledných 50 rokov sa z colnej únie stal základný kameň jednotného trhu – udržiava bezpečnosť hraníc EÚ a chráni občanov pred zakázanými a nebezpečnými výrobkami, ako sú zbrane či drogy. Zároveň cez ňu prechádza čoraz väčší podiel globálneho obchodu: colné orgány EÚ v roku 2017 odbavili 16 % svetového obchodu. 1. júla 2018, čiže presne 50 rokov po zriadení colnej únie, Komisia organizuje podujatia na letiskách a v školách v celej EÚ, ktoré majú zvýšiť povedomie o tomto mimoriadnom úspechu.