Terorizmus je veľkou hrozbou pre EÚ. V posledných rokoch vzrástlo nebezpečenstvo náboženského radikalizmu, ktoré sa prejavilo dvoma minuloročnými teroristickými útokmi v Paríži a marcovým atentátom v Bruseli. Únia je konfrontovaná s odchodom svojich občanov, ktorí idú bojovať do Sýrie a následne sa vracajú do Európy ako radikalizovaní džihádisti. Títo ľudia potom predstavujú hrozbu pre európske hodnoty. Ako sa dá proti týmto javom efektívne bojovať?Po roku 2002 sa postupne zrýchlil proces vydávania teroristov do tretích krajín a je tiež možné lepšie vystopovať ich financovanie. V čase ohrozenia vnútornej bezpečnosti členských štátov je tiež možné dočasne obnoviť hraničné kontroly v Schengenskom priestore. Bezpečnostné zložky majú k dispozícii biometrické údaje podozrivých osôb a dochádza aj k spolupráci polície a súdov v rámci agentúr Europol a Eurojust. Okrem toho únia spolupracuje aj so Spojenými štátmi.Vzhľadom k narastajúcej hrozbe terorizmu sa agenda EÚ v súčasnosti zameriava na ochranu občanov za pomoci existujúcich nástrojov, prevenciu radikalizácie, obhajobu úniových hodnôt a spoluprácu na medzinárodnej úrovni. Európska smernica prijatá v decembri 2015 napríklad umožňuje kriminalizovať osoby, ktoré sa v EÚ pokúšajú o nábor, výcvik a následný odjazd nových bojovníkov do cudziny, kde sa stávajú teroristami. Účelnejšiemu boju proti terorizmu pomohla aj Lisabonská zmluva, ktoré prehĺbila spoluprácu polície naprieč členskými štátmi. Ďalej zaviedla tzv. doložku solidarity, podľa ktorej musia krajiny zasiahnuté atentátmi dostať pomoc od ostatných členských štátov.